上記のサイトは、「小粋空間」さんという、それこそMovable Typeをいじっている人は知らない人はいないというサイトです。
で、上記のエントリーをあらためて読んでみると、今まで自分がやってきたことが整理されていたので、「なんだよやっぱりネットで調べりゃそれでいいじゃん。」なんて気持ちは抑えつつ、リンクを記録しておくことで明日につながると考えます。

ということで、あらためて「Movable Type を始める前に設定しておきたい 10 の項目」を読みつつ、まだ設定していなかったところを設定してしまいます。今回はアーカイブマッピングの部分です。
「小粋空間」さんのエントリーの「４．エントリー・アーカイブのパス・ファイル名を変更する」を参考にしつつ、自分のニーズに合わせて設定をしました。

「小粋空間」さんでは、エントリーアーカイブの出力フォーマットを
%y/%m/%d%h%n%s%x
としましょうとなっていましたが、この場合実際のエントリーアーカイブのURLは

サイトURL/年/月/日付時分秒.php （拡張子をphpにしていた場合）
例）http://xxxxx.com/2007/03/12120015.php

となります。
個人的には、個別のページは各カテゴリーの下にいて欲しいけど、意味不明なアドレス（post_10.phpとか）も嫌なので

%c/%y%m%d%h%n%s%x

としました。
こうすると

サイトURL/カテゴリ名/サブカテゴリ名/年月日付時分秒.php （拡張子をphpにしていた場合）
例）http://xxxxx.com/cat01/cat02/20070312120015.php

となります。
xxxxx.php のxxxxxxの部分をもっと分かりやすくしたいのですが、カテゴリ名のディレクトリに格納しようとすると、ユニークな名称にしなくてはいけないので、

エントリーID.php

という付け方もあるのですが、エントリーというのは本当にエントリー順にふられる番号なので、外から見たら意味不明な番号です。
というとこで、とりあえずこういった設定にしておきたいと思います。

上記の理由から、カテゴリーアーカイブはプルダウンから

category/sub_category/index.php

を選びます。
ただこの際に注意するのは、カテゴリを登録する際に「出力ファイル名」の項目にきちんと英数字でファイル名を設定しておく必要があります。3.2以前だとこの項目がなかったらしく、同じような出力をしようとすると、ちょっと面倒だったようですが、3.3だとこれで大丈夫のようです。

とりあえず、これで下準備は終了となります。

あとは、がんがんエントリーを増やしていって、必要に応じてデザインの修正、表示内容の変更をしていけばいいってことです。
デザインなんかはあとでどうとでも変更できますので・・・。